L’Organisation mondiale de la Santé (OMS-WHO) a rendu public un brouillon (« draft« ) de 9 pages en anglais (nous traduisons 🙂 « Consultation informelle sur le rôle potentiel de la chloroquine dans la gestion clinique de l’infection à COVID 19 ». Ce brouillon est daté du 13 mars 2020, c’est un document rendant compte d’une réunion d’experts dont 25 étaient présents et 12 invités absents. Parmi ces derniers, le professeur Bruno Lina (France, ORPHANET). La date exacte de la réunion n’est pas explicitement indiquée, à moins que ce soit aussi la date de la publication dans les « R&DBlueprint ». Nous avons recherché sur le net et le site de l’OMS une version en français, en vain. Nous l’avons traduite pour notre usage personnel, afin de bien comprendre le sens des phrases. Bien que toutes réserves aient été faites sur la page de couverture sur l’usage de ce document et dans sa page finale sur les changements possibles en fonction de nouvelles informations, nous estimons qu’il s’agit d’un document officiel diffusé urbi et orbi, mondialement.
Ce document semble avoir été mal lu ou mal rapporté par les médias de langue française. Certains ont brandi ce rapport pour s’opposer au professeur Didier Raoult et l’emploi clinique qu’il fait de la chloroquine et de ses dérivés pour lutter contre le COVID 19, une maladie dont l’agent est le SARS-CoV-2. Coup de théatre, on nous dit que le 23 mars 2020 que l’OMS condamne « séchement » l’emploi de la chloroquine. M. Edouard Philippe argue de cette « décision » pour réserver le traitement à la chloroquine aux malades les plus gravement atteints ! Une déclaration qui pourrait être jugée criminelle !
Le contenu du rapport OMS-WHO
Comment interpréter les conclusions du « panel » (groupe) d’experts convoqué par l’OMS et qui ne formule jamais dans les 9 pages la moindre objection sur la mise sur pied de traitements à base de chloroquine et dérivés, encourageant au contraire et dans les meilleurs délais possibles la poursuite d’essais cliniques ! Comment comprendre que 12 jours après l’avis rendu par les 25 experts, le Directeur général de l’OMS prenne une position radicalement opposée à ce que ses experts ont préconisé ?
On peut se poser la question ? Où sont les éléments nouveaux susceptibles de modifier le contenu du rapport amenant les experts du Panel OMS à manger leur chapeau ? Quel est le Pinoccho dont le nez est en train de s’allonger ? Au point de devenir un arbre ?
Pinocchio très menteur
En attendant, les essais cliniques se multiplient dans notre pays : on appelle cela un « bras » sur la chloroquine ! Il y a d’autre bras avec les antiviraux aux noms poétiques :
Remdésivir (médicament expérimental conçu contre Ebola),
Lopinavir/ritonavir (un anti VIH), associé à l’interféron,
etc. (nous n’avons pas plus d’informations sur les bras et l’essai Discovery)
qui nous « coûtent un bras ! ».
A 430 euros le boite de 10 comprimés ! Rien à voir avec cette bonne vielle nivaquine à quelques centimes d’euro le comprimé ! Et de ses dérivés !
En attendant, hélas, des malades meurent. Le professeur Didier Raoult poursuit son combat contre le SARS-CoV-2 à Marseille : dépistage suivi pour ceux qui sont atteints du traitement comprenant la Chloroquine et ses dérivés.
Lorsque la guerre contre le SARS-CoV-2 aura été gagnée et que le calme sera revenu, il faudra que ceux qui ont failli rendent des comptes. Ceux qui n’ont pas compris que gouverner c’est prévoir.
Comment des réfractaires ont cédé pour se faire vacciner ? Le journal hebdomadaire 20 minutes du 7 janvier 2022 publie en page 4 un petit article intitulé « Le Président Macron m’a bien « emmerdé » » par Anissa Boumediene. Nous citons :
« Réfractaires de la première heure, des lecteurs de « 20 Minutes » racontent pourquoi ils ont décidé de se faire vacciner. »
Nous reprenons cet article en modifiant l’ordre des témoignages. Nous n’avons pas pu retrouver l’URL de cet article par Google, dommage. L’article cite les prénoms des déclarants. Nous citons d’abord les réfractaires convaincus. Ceux qui ont vu le nombre record de nouvelles contaminations quotidiennes (plus de 330.000 en France mercredi 6 janvier). Les bénéfices de la vaccination l’ont emporté sur les craintes pour certains.
Marine (20 ans) : « Ce n’est pas le pass vaccinal qui m’a fait changer d’avis, ni le manque de vie sociale. C’est l’absence de restrictions et ‘épidémie qui s’emballe qui me dont peur. et Aujourd’hui, ma peur des effets à long terme du vaccin est moins grande que celle d’attraper le virus et de développer une forme grave. » (vaccinée lundi).
Charlène (24 ans) : « Désormais je vois que la balance bénéfices-risques penche en faveur du vaccin. Tous mes proches sont vaccinés, ils me protègent. Alors je me dois d’en faire autant. ».
Sibel (30 ans) : « Je me suis rendu compte que j’avais plus peur du Covid-19 que du vaccin. ».
Et il y a ceux qui ont cédé devant la force tout en clamant qu’ils ont été privés de liberté. Le peur de perdre leur emploi a été la gachette qui a fait partir le coup vaccinal.
Philippe (48 ans) : « Je reprends le travail dans deux mois dans un établissement recevant du public et mon employeur m’impose la vaccination. ».
Marie (qui a eu le Covid en juillet) : « Mon certificat de rétablissement valable 6 mois, va espirer si je ne reçois pas une dose dans les prochains jours. Et comme je suis saisonnière à Val-Thorens (Savoie), je n’ai pas le choix, sinon je perds mon trvail et ma vie sociale. ».
Edifiant ! La trouille comme moteur ou la contrainte pour maintenir les gens en bonne santé.
Un nouveau terme a été lancé sur les ondes des radios, la vérânerie, composé de ver(an) et ânerie. Ce terme n’a plus été repris dans le paysage audio-visuel ? Les Grandes gueules de RMC n’ont pas fait florès mais la dernière publication citée dans votre blog (ouvrage de Xavier Bazin, Big Pharma démasqué, mars 2021) accuse clairement Monsieur le Ministre de la Santé d’avoir déroulé une histoire « la plus fantasque » entendue dans « ma vie », dixit M. Bazin (pp. 21-70, du Lancet-Gate aux EHPAD.
Le lecteur de ce livre très clair désigne M. Véran comme responsable. Il est LE MINISTRE, il a entériné une décision, il l’a signée, il a gobé une étude frauduleuse de la revue The Lancet, allant jusqu’à interdire dans un premier temps un des médicaments « les plus sûrs qui existent ». Pourquoi ?
Le processus a été initié par son prédécesseur, le médecin Dr. Agnès Buzyn qui avait commencé le processus en classant l’hydroxychloroquine parmi les substances vénéneuses. Il a fallu l’intervention énergique du Professeur Raoult pour autoriser les médecins hospitaliers à le prescrire sous des conditions très précises. Un comble pour un médicament « très sûr » (p. 35).
Un citoyen très en colère ! respectueux des lois républicaines
Info
CQFD : ce qu’il fallait démontrer. Enfin, une mesure efficace contre les variants du SARS-CoV2 : le contrôle de nos frontières pour empêcher les piétons voyageurs aériens venant de zones infectées durement. Brésil, Chili, Surinam, Guyane francaise et, … le dernier, l’Inde. Il en fallu des émissions de radios périphériques et de chaînes d’information en continu pour convaincre nos ministres et ministricules de fermer, enfin, les frontières aux avions remplis de fuyards fortunés supposés ou de citoyens français regagnant le giron national, tous supposés porteurs de virus. Ce qui s’est révèlé exact pour plusieurs voyageur mis en cabane de confinement.
La situation catastrophique au Brésil et surtout en Inde fait fuir ceux qui ont les moyens de quitter les navires en perdition. Le variant indien est encore mal connu mais les piétons aéroportés qui sont arrivés sur notre sol sont dûment identifiés et confinés (du moins nous l’espèrons !). Enfin, ce qui ne fait pas partie de l’enseignement de la défunte ENA, l’écologie, la science des écosystèmes et l’infectiologie semblent avoir lentement perfusé dans le cerveau de nos énarques se disant omniscients ?
Avec les vaccins (la vaccination accèlère en Hérault), les mesures barrières (masques, distanciations, …), le contrôle des déplacements (où sont passés les gendarmes ?) et le contrôle des aéroports, and so forth !, nous avons bon espoir de voir s’arrêter ce fléau et la ruine de notre pays !
Gaulois Arécomiques, Tectosages, Héduens, Lingons, Allobroges, Arvernes, Helviens, Rèmes, etc., toute la Gaule chevelue dressée contre le virus envahisseur, demandons des comptes à ceux qui ont laissée grandes ouvertes et béantes nos frontières. CQFD. Le virus n’a pas de passeport disait une clowne disparue du paysage audio-visuel ! Oui mais ! les piètons qui l’ont amené à pied de la Chine eux en ont et nos douaniers, nos policiers des frontières, … commencent à appliquer les filtres. Savoureux ! Les Chinois interdisent des vols de nos compagnies nationales de se poser à Sanghaï ! Renversement de scénario ! A tomber de la chaise ! Une minorité du peuple gaulois actuel se dresse contre les envahisseurs qui alimentent les hôpitaux et les cimetières.
Le peuple gaulois et ses descendants Francs sauront demander des comptes le moment venu à ceux qui ont failli.
Un virus MANI-porté ! Aie ! Aéroporté ? A suivre ! Il serait arrivé à pied de la Chine ?
L’armée française et tout ce qui y touche de près ou de loin, comme l’IHEDN, tout n’est pas bon à jeter ! Les médecins militaires sont bons à prendre ! Les CEM contestataires, dehors !
Signature du Citoyen-Contribuable 34
Contribution validée par le modérateur.
Qu’a-ton appris de l’analyste génétique du virus ?
Meriadeg Le Gouil est enseignant-chercheur au GRAM 2.0 (Groupe de recherche sur l’adaptation des microbes), EA2656 de l’Université de Caen Normandie et au laboratoire de virologie du CHU de Caen. Il est spécialiste des coronavirus humains et animaux, avec un intérêt particulier pour les coronavirus de la faune sauvage et les virus émergeants circulant chez les chauves-souris : l’ordre de mammifère hébergeant la plus grande diversité de ce type de virus. Dès qu’un nouveau virus apparaît, les scientifiques cherchent à établir sa séquence génétique.
Comment obtenir la séquence génétique d’un virus ?
Si l’on compare avec le SRAS : le dernier coronavirus qui avait suscité une inquiétude mondiale pour l’homme en 2002, les techniques d’analyse génétique ont drastiquement évolué vers plus de précision et des temps d’analyse réduits. Ces analyses sont également moins coûteuses ce qui a permis à de nombreux pays de s’équiper convenablement en séquenceurs génétiques. Ainsi, il est possible d’analyser très vite un nouveau virus quel que soit son lieu d’apparition.
Dans le cas du nouveau coronavirus 2019-nCoV, ce sont donc des équipes chinoises qui ont pu l’analyser et partager les informations à la communauté scientifique internationale en quelques jours à semaines grâce à une base de données appelée GISAID. Ce partage permet de comparer les résultats obtenus à partir d’autres patients. À ce jour la plupart des séquences analysées viennent de Chine mais il en existe également provenant de Thaïlande, des États-Unis et de France.
Capture d’écran de la base de données GISAID présentant la géographie des cas du nouveau coronavirus. GISAID
Quelles informations découlent de cette séquence ?
Un virus, comme un être vivant, est porteur d’information génétique, à partir de laquelle il va fabriquer ses protéines et se multiplier chez son hôte. Le génome de ce coronavirus compte environ 30 000 nucléotides : une série de quatre briques élémentaires représentées par les lettres : A, U, C, G. Séquencer c’est tout simplement établir dans quel ordre ces briques sont organisées. Une fois que l’on a la liste ordonnée de 30 000 lettres, que peut-on en déduire ?
Tout d’abord, il est possible de comparer la nouvelle séquence avec celles déjà présentes dans les bases. En réalisant ce travail, l’équipe dirigée par Zhengli Shi, du Wuhan Institute of Virology a pu constater qu’un autre virus, prélevé en 2013 en Chine chez une chauve-souris, possédait un génome similaire à 95 %. Il est donc probable que 2019-nCoV (le nom scientifique de ce nouveau coronavirus) trouve son origine chez cet animal. La transmission ne s’est peut-être pas produite directement entre la chauve-souris et l’humain, car pour un passage à une autre espèce, il faut des contacts nombreux et répétés. Les scientifiques et les autorités pointent plutôt vers des marchés aux animaux vivants. L’animal intermédiaire potentiel n’a pas encore été identifié.
L’autre intérêt d’étudier la séquence génétique est de prévoir la structure des protéines du virus dont elle découle. Une des protéines d’intérêt est la protéine S (pour spicule) présente à la surface du virus et qui va s’attacher à nos cellules pour les reconnaître et les infecter. Ce sont d’ailleurs elles qui donnent sa forme de couronne au coronavirus.
Ces protéines de surface peuvent aussi être une cible thérapeutique car si on les bloque alors elles ne peuvent plus infecter des cellules. Connaître finement sa séquence a également permis de mettre au point des tests de diagnostic spécifiques.
L’arbre généalogique des virus
Analyser une séquence génétique donne aussi des informations sur l’évolution des virus. A chaque fois qu’il va se répliquer, son génome va connaître des modifications : des mutations. Quelques nucléotides sur les 30 000 vont changer, ce qui peut avoir une conséquence sur la structure des protéines et potentiellement, sur la vitesse d’infection. Chaque nouvelle séquence va donc être comparée à celles déjà connues pour déceler ces mutations. Les scientifiques peuvent alors créer des « arbres généalogiques » (arbres phylogénétiques en termes techniques) pour comprendre d’où vient chaque source virale.
Le centre du cercle représente l’ancêtre commun des ncoronavirus. Les souches détectées en France sont assez proches les unes des autres. GISAID
Chez un même individu, les virus mutent. Grâce aux dernières techniques de séquençage, il est possible d’établir toutes les séquences présentes. Cela permet de suivre les taux de mutation du virus, la diversité de ses populations à l’intérieur de l’organisme et de suivre les chaînes épidémiques.
Comment un virus animal se transmet à l’homme ?
Pour les virus, tout est une question d’opportunités. Il n’est pas aisé de franchir les barrières des espèces. Ainsi un virus affectant majoritairement les chauves-souris se transmettra difficilement à l’humain.
Pour une transmission interespèces, il est nécessaire d’avoir des opportunités écologiques, soit des contacts rapprochés, nombreux et fréquents. Ainsi pour prévenir les risques de contamination ou d’émergence de nouveaux virus, il est nécessaire de réfléchir à notre rapport avec la biodiversité. Par exemple, les chauves-souris n’ont que peu de raison de venir au contact des humains, sauf si leur habitat est détruit ou réduit. Protéger la nature et la biodiversité c’est aussi nous protéger d’éventuelles émergences et donc des maladies nouvelles.
Comment les changements environnementaux font émerger de nouvelles maladies
Région de Lambaréné, Gabon : à la recherche du réservoir du virus Ebola, des scientifiques autopsient des chauves-souris et recueillent des échantillons biologiques qui seront analysés au Centre de Recherches Médicales de Franceville. Jean-Jacques Lemasson / IRD, Author provided
L’épidémie de coronavirus Covid-19 en cours, qui a débuté à Wuhan à la fin de l’année dernière, illustre bien la menace que représentent les maladies infectieuses émergentes, non seulement pour la santé humaine et animale, mais aussi pour la stabilité sociale, le commerce et l’économie mondiale.
Or de nombreux indices portent à croire que la fréquence des émergences de nouveaux agents infectieux pourrait augmenter dans les décennies à venir, faisant craindre une crise épidémiologique mondiale imminente. En effet, les activités humaines entraînent de profondes modifications de l’utilisation des terres ainsi que d’importants bouleversements de la biodiversité, en de nombreux endroits de la planète.
Ces perturbations se produisent dans un contexte de connectivité internationale accrue par les déplacements humains et les échanges commerciaux, le tout sur fond de changement climatique.
Il s’agit là des conditions optimales pour favoriser le passage à l’être humain de micro-organismes pathogènes provenant des animaux. Or, selon l’OMS, les maladies qui résultent de telles transmissions comptent parmi les plus dangereuses qui soient.
Identifier les nouvelles menaces
Fièvre hémorragique de Crimée-Congo, virus Ebola et maladie du virus de Marburg, fièvre de Lassa, coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) et syndrome respiratoire aiguë sévère (SRAS), Nipah et maladies hénipavirales, fièvre de la vallée du Rift, Zika…
Les maladies listées ici sont considérées comme des urgences sur lesquelles doivent se concentrer les recherches. Elles présentent en effet un risque de santé publique à grande échelle, en raison de leur potentiel épidémique et de l’absence ou du nombre limité de mesures de traitement et de contrôle actuellement disponibles.
Cette liste comporte également une « maladie X » : ce terme énigmatique désigne la maladie qui sera responsable d’une épidémie internationale d’ampleur, causée par un pathogène actuellement inconnu. L’OMS ne doute pas qu’elle puisse survenir, et demande donc à la communauté internationale de se préparer en prévision d’un tel scénario catastrophe.
Actuellement, la réponse des autorités de santé publique face à ces maladies infectieuses émergentes consiste à « prendre de l’avance sur la courbe », c’est-à-dire à identifier les facteurs environnementaux susceptibles de déclencher l’émergence. Malheureusement, notre compréhension de la façon dont font surface les nouvelles menaces infectieuses demeure encore limitée.
Mais une chose est sûre, les animaux seront très probablement impliqués dans les prochaines épidémies. Car c’est un autre point commun des maladies de cette liste dressée par l’OMS : toutes peuvent être classées comme des infections virales zoonotique.
Les animaux largement impliqués dans les nouvelles épidémies
Au plus simple, ces maladies incluent un seul hôte et un seul agent infectieux. Cependant, souvent plusieurs espèces sont impliquées, ce qui signifie que les changements de biodiversité ont le potentiel de modifier les risques d’exposition à ces maladies infectieuses liées aux animaux et aux plantes.
On pourrait à ce titre penser que la biodiversité représente une menace : puisqu’elle recèle de nombreux pathogènes potentiels, elle accroît le risque d’apparition de nouvelles maladies.
Pourtant, curieusement, la biodiversité joue également un rôle protecteur vis-à-vis de l’émergence des agents infectieux. En effet, l’existence d’une grande diversité d’espèces hôtes peut limiter leur transmission, par un effet de dilution ou par effet tampon.
La perte de biodiversité augmente la transmission des agents pathogènes
Si toutes les espèces avaient le même effet sur la transmission des agents infectieux, on pourrait s’attendre à ce qu’une baisse de la biodiversité entraîne de façon similaire une baisse de la transmission des agents pathogènes. Or il n’en est rien : ces dernières années, les études montrent de façon concordante que les pertes de biodiversité ont tendance à augmenter la transmission des agents pathogènes, et la fréquence des maladies associées.
1) En changeant l’abondance de l’hôte ou du vecteur. Dans certains cas, une plus grande diversité d’hôtes peut augmenter la transmission des agents, en augmentant l’abondance des vecteurs ;
2) En modifiant le comportement de l’hôte, vecteur ou parasite. En principe, une plus grande diversité peut influencer le comportement des hôtes, ce qui peut avoir différentes conséquences, qu’il s’agisse d’une augmentation de la transmission ou de l’altération de l’évolution des dynamiques de virulence ou des voies de transmission. Par exemple, dans une communauté plus diverse, le ver parasitaire qui est responsable de la bilharziose (maladie qui affecte plus de 200 millions de personnes dans le monde) a plus de chance de se retrouver dans un hôte intermédiaire inadéquat. Ceci peut réduire la probabilité de transmission future à l’humain de 25 à 99 % ;
3) En modifiant la condition de l’hôte ou du vecteur. Dans certains cas, dans des hôtes à fortes diversités génétiques, les infections peuvent être réduites, voire induire des résistances, ce qui limite de fait la transmission. Si la diversité génétique se réduit parce que les populations diminuent, la probabilité qu’apparaissent des résistances diminue également.
Dans ce contexte, la perte de biodiversité en cours est d’autant plus inquiétante. Les estimations actuelles suggèrent par exemple qu’au moins 10 000 à 20 000 espèces d’eaux douces ont disparu ou sont à risque de disparaître. Les taux de déclins observés actuellement rivalisent avec ceux des grandes crises du passé, telles que celle qui a marqué la transition entre Pléistocène et Holocène, voici 12 000 ans, et qui s’est accompagné de la disparition de la mégafaune, dont le mammouth laineux était un des représentants emblématiques.
Mais la perte de biodiversité n’est pas le seul facteur influant sur l’émergence de nouvelles maladies.
Le changement climatique et les activités humaines
C’est le déplacement de l’empreinte géographique des pathogènes et/ou de l’hôte qu’ils infectent qui conduit à l’émergence de nouvelles maladies infectieuses. À ce titre, l’imprévisibilité croissante du climat mondial et les interactions locales homme-animal-écosystème, de plus en plus étroites dans certains endroits de la planète, jouent un rôle majeur dans l’émergence de nouvelles infections au sein des populations humaines.
La consommation de viande de brousse et le commerce d’animaux, résultant de la demande croissante en protéines animales, provoquent aussi des changements importants dans les contacts entre les êtres humains et les animaux. Des études ont démontré que les flambées de SRAS et d’Ebola étaient directement liées à la consommation de viande de brousse infectée. En outre, la fièvre de Lassa et les maladies dues aux virus Marburg et Ebola prospèrent en Afrique de l’Ouest et du Centre, où la consommation de viande de brousse est quatre fois supérieure à celle de l’Amazonie, pourtant plus riche en biodiversité.
Autre risque : l’expansion de l’agriculture et de l’élevage. Afin de répondre à la demande toujours croissante des populations humaines, de nouveaux espaces doivent être conquis, en déforestant et en défrichant. Or on sait que cette réaffectation des terres peut déclencher l’émergence des maladies infectieuses, en favorisant les contacts avec des organismes jusqu’ici rarement rencontrés. Ainsi, dans les îles de Sumatra, la migration des chauves-souris fruitières causée par la déforestation dû aux incendies de forêt a conduit à l’émergence de la maladie de Nipah chez les éleveurs et les personnels des abattoirs en Malaisie.
Les relations entre la biodiversité des espèces hôtes et celle des parasites et microbes pathogènes sont complexes. En modifiant la structure des communautés, tous ces changements environnementaux risquent d’entraîner une modification des schémas épidémiologiques existants.
Dans ce contexte, les populations humaines peuvent se retrouver au contact d’un animal porteur d’un virus capable de les contaminer. Un cycle d’infections peut alors se mettre en place. Il débute par des cas sporadiques de transmission de l’animal à l’être humain, appelé « virus chatter » (« bavardage viral »). Ensuite, à mesure que les cycles se multiplient, l’émergence de la transmission interhumaine devient inévitable.
Une fois l’épidémie déclenchée, la rapidité de réaction est primordiale. Outre les mesures sanitaires de rigueur, lorsque le temps manque pour mener des études épidémiologiques appropriées les modélisations mathématiques peuvent être d’un grand secours pour évaluer rapidement l’efficacité de la prévention, et anticiper l’évolution de la maladie.
Mais appréhender la complexité des interactions entre réservoir naturel, agent pathogène et hôte(s) intermédiaire(s) reste un défi de taille lorsqu’il s’agit d’intervenir rapidement pour arrêter la transmission de la maladie. L’exemple du COVID-19 l’illustre une nouvelle fois : plus de deux mois après les premières infections, les divers maillons animaux de la chaîne de transmission de l’épidémie restent à identifier.
En l’espace de quelques semaines, nous avons tous appris beaucoup de choses, mais aussi entendu pas mal de rumeurs sur la maladie Covid-19 et le virus responsable : le SARS-CoV-2. Alors que le nombre d’articles scientifiques sur ce virus ne cesse d’augmenter, il subsiste encore bien des zones d’ombre quant à l’origine de ce virus.
Dans quelle espèce animale est-il apparu ? Une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce sauvage ? D’où vient-il ? D’une grotte ou d’une forêt de la province chinoise de Hubei ou bien d’ailleurs ?
En décembre 2019, 27 des 41 premières personnes hospitalisées (66 %) sont passées par un marché situé en plein cœur de la ville de Wuhan, dans la province de Hubei. Mais l’origine de l’épidémie n’est probablement pas liée à des contacts avec des animaux vivants ou morts présents sur ce marché, car il apparaît, d’après une étude chinoise menée à l’hôpital de Wuhan, que le tout premier cas humain identifié n’a pas fréquenté ce marché.
En accord avec cette hypothèse, les datations moléculaires estimées à partir des séquences génomiques du SARS-CoV-2 indiquent plutôt une origine en novembre. On est donc en droit de s’interroger sur le lien entre cette épidémie Covid-19 et la faune sauvage.
Ce que l’on sait grâce aux données génomiques sur les Betacoronavirus
Le génome du SARS-CoV-2 a été rapidement séquencé par les chercheurs chinois. Il s’agit d’une molécule d’ARN d’environ 30 000 bases contenant 15 gènes, dont le gène S qui code pour une protéine située à la surface de l’enveloppe virale (à titre de comparaison, notre génome est sous forme d’une double hélice d’ADN d’une taille d’environ 3 milliards de bases et il contient près de 30 000 gènes).
Les analyses de génomique comparative ont montré que le SARS-CoV-2 appartient au groupe des Betacoronavirus et qu’il est très proche du SARS-CoV, responsable d’une épidémie de pneumonie aiguë apparue en novembre 2002 dans la province chinoise de Guangdong qui s’est ensuite répandue dans 29 pays, notamment en France en 2003.
Au total, 8098 cas ont été comptabilisés, dont 774 décès. On sait que les chauves-souris du genre Rhinolophus (potentiellement plusieurs espèces cavernicoles) étaient le réservoir de ce virus et qu’un petit carnivore, la civette palmiste (Paguma larvata), a pu servir d’hôte intermédiaire entre les chauves-souris et les premiers cas humains.
Depuis, de nombreux Betacoronavirus ont été découverts, principalement chez les chauves-souris, mais aussi chez l’homme. C’est ainsi que le virus RaTG13, isolé à partir d’une chauve-souris de l’espèce Rhinolophus affinis collectée dans la province chinoise du Yunan, a récemment été décrit comme très proche du SARS-CoV-2, les séquences de leur génome étant identiques à 96 %. Ces résultats indiquent que les chauves-souris, et en particulier les espèces du genre Rhinolophus, constituent le réservoir des virus SARS-CoV et SARS-CoV-2.
Mais comment définit-on un réservoir ? Il s’agit d’une ou de plusieurs espèces animales peu ou pas sensibles au virus, qui vont naturellement héberger un ou plusieurs virus. L’absence de symptôme de la maladie s’explique par l’efficacité de leur système immunitaire qui leur permet de lutter contre une trop grande prolifération virale.
Mécanisme de recombinaison
Le 7 février 2020, nous apprenions qu’un virus encore plus proche du SARS-CoV-2 avait été découvert chez le pangolin. Avec 99 % d’identité annoncé, cela en faisait un réservoir plus probable que les chauves-souris. Une étude plus récente, actuellement en cours d’expertise, suggère néanmoins une situation bien plus complexe. Finalement, le génome du coronavirus isolé chez le pangolin malais (Manis javanica) n’est globalement pas si proche du SARS-Cov-2, avec seulement 90 % d’identité. Il n’est donc pas responsable de l’épidémie qui sévit actuellement.
Cela dit, le virus isolé chez le pangolin présente bien 99 % d’identité avec le SARS-Cov-2 si l’on compare les 74 acides aminés d’une région particulière de la protéine S, le domaine de liaison au récepteur ACE2 (Angiotensin Converting Enzyme 2) qui permet au virus d’entrer dans les cellules humaines pour les infecter. Dans la même région, le virus RaTG13 isolé chez la chauve-souris R. affinis est quant à lui très divergent (77 %).
Un coronavirus provenant du pangolin pourrait être l’une des sources du virus Covid-19. Wildlife Alliance/Flickr, CC BY
Pour simplifier, cela signifie que le coronavirus isolé chez le pangolin est capable d’entrer dans les cellules humaines alors que celui isolé chez la chauve-souris R. affinis ne l’est pas. Par ailleurs, cela suggère que le virus SARS-Cov-2 est issu d’une recombinaison entre deux virus différents, l’un proche de RaTG13 et l’autre plus proche de celui du pangolin. En d’autres termes, il s’agit d’une chimère entre deux virus préexistants.
Ce mécanisme de recombinaison avait déjà été décrit chez les coronavirus, notamment pour expliquer l’origine du SARS-Cov. Il est important de savoir qu’une recombinaison aboutit à un nouveau virus potentiellement capable d’infecter une nouvelle espèce hôte. Pour qu’une recombinaison se produise, il faut que les deux virus divergents aient infecté le même organisme de façon concomitante.
Deux questions restent en suspens : dans quel organisme a eu lieu cette recombinaison ? (une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce ?) Et surtout dans quelles conditions a eu lieu cette recombinaison ?
Une équipe de scientifiques chinois basée à Guangzhou suspecte le pangolin d’être un hôte intermédiaire entre les chauves-souris et l’humain. En effet, ces chercheurs auraient isolé un virus à partir de ces mammifères, dont la séquence génétique est à 99 % similaire à celle du coronavirus SARS-CoV-2 (nom officiel du virus responsable de la maladie Covid-19, qui sévit principalement en Chine). Une information largement reprise mais à prendre avec beaucoup de précautions car leurs résultats n’ont pas encore été publiés donc non soumis à une relecture par la communauté scientifique. S’il est très difficile de se prononcer, nous pouvons néanmoins réfléchir à cette possibilité en comprenant la biologie et les contacts qui peuvent exister entre l’homme et le pangolin.
Pangolin, qui es-tu ?
Il existe actuellement huit espèces de pangolins formant la famille des Manidés, unique famille actuelle de l’ordre des Pholidotes. Leur caractéristique la plus visible est la présence d’écailles sur la quasi-totalité du corps. Elles servent bien sûr à se protéger des prédateurs, le pangolin pouvant se rouler en boule, mais aussi à éviter les morsures des fourmis et des termites qui sont ses proies favorites.
« Le pangolin, une espèce en danger de disparition » (National Geographic).
Ces animaux vivent dans les forêts tropicales d’Afrique et d’Asie, ils sont plutôt nocturnes, solitaires et possèdent un excellent odorat leur permettant de repérer des insectes pour se nourrir.
Leurs contacts avec les humains
Pour transmettre un coronavirus, les contacts entre les individus doivent être longs, rapprochés et répétés. Les pangolins vivent dans la forêt et n’ont pas tendance à s’approcher des humains. Dans ces conditions, pourquoi les suspecter ?
Il faut savoir que le pangolin est l’une des espèces les plus braconnées dans le monde. Son commerce est strictement interdit, pourtant plus de 20 tonnes sont saisies chaque année dans le monde, ce qui laisse craindre des chiffres astronomiques sur le trafic total.
Ce commerce a deux finalités principales : la consommation de la viande, essentiellement en Chine et dans d’autres pays d’Asie du Sud-Est, le reste de l’animal, principalement les écailles, pouvant être utilisé dans la médecine traditionnelle. Une association de protection a estimé une consommation d’un million d’individus dans le monde en cinq ans, avec pour conséquence de voir figurer ces animaux sur les listes des espèces en très grave danger.
Les animaux, vivants ou morts peuvent donc être stockés dans des enclos exigus et dans les marchés où des contacts prolongés avec les humains peuvent avoir lieu.
Un coupable idéal ?
Comme dans le cas du SRAS avec la civette palmiste masquée, les virologues ont rapidement suspecté une transmission de la chauve-souris à l’homme via un autre animal. Il est très important de l’identifier rapidement pour que des mesures de confinement puissent être mises en place.
Les équipes de scientifiques ont prélevé des individus de nombreuses espèces animales différentes afin d’identifier un possible hôte intermédiaire entre les chauves-souris et les humains. Ce pourrait être le pangolin.
Si un responsable doit être pointé du doigt, c’est bien sûr l’homme. En effet, il n’y aucune raison naturelle d’avoir des relations étroites entre ces espèces sauvages et les humains. Le fait de les chasser, puis de les rassembler dans les marchés est la meilleure manière pour que des chauves-souris aient pu transmettre le virus aux pangolins, et qu’à leur tour, ils transmettent le virus à l’homme.
L’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) a publié six critères à remplir avant de déconfiner. Le site Consoglobe nous les rappelle. Nous les reprenons ici en rappelant que le déconfinement n’est pas la fin de l’épidémie CoViD-19, le virus SRAS-CoV-2 responsable de la pandémie n’a pas disparu.
Nous allons devoir vivre avec ! Il convient que chacun se pose les questions et y apporte sa réponse en se disant « Le virus ne passera pas par moi » ? Le bon sens doit jouer ! Alors, chiche ? Un bon contribuable et un bon citoyen responsable doit se poser des questions et vérifier ses réponses ?
Nous venons de vivre 50 jours de confinement dans nos maisons et des professionnels de santé dévoués, eux, se sont battus pour soigner nos amis, nos parents, notre population, avec des moyens réduits. Certains l’ont payé de leur vie et nous ne devons pas les oublier. Pour eux, ceux qui ont survécu pour que nous vivions, le déconfinement doit être un soulagement et nous devons veiller, chacun dans notre lieu de vie et de travail (repris ou à reprendre) à ne pas faire repartir l’épidémie-pandémie.
1 – La transmission du virus est elle contrôlée ?
Le virus voyage localement, par des projections (postillons, crachats, gouttelettes à la suite d’éternuements). Il voyage à courte, moyenne et longue distance dans de manière invisible dans l’organisme humain (ou animal) ?. Un organisme infecté ne développe pas immédiatement la maladie, celle-ci peut incuber 3 à 5 jours, silencieusement. Cette période peut s’étendre jusqu’à 15 jours. Posons nous les bonnes questions :
A mon niveau, ais-je les bons gestes-barrières (masques, vêtments, …) ?
Suis-je protégé contre les nébulisations du virus par les autres ?
Suis-je un nébulisateur, porteur du virus qui s’ignore ?
Dois-je faire un test de dépistage ?
A vous de répondre, vous êtes sur la bonne voie pour vous protéger. Faites-vous vacciner !
2 – Le système de santé dont je dépends est il en capacité ?
Nous dépendons tous d’un système de santé (hôpitaux, cliniques, laboratoires, soignants, aide-soignants, auxiliaires, …). Il convient de suivre avec attention la situation locale (presse, Internet, télévision, …).
Le système est il capable de tester, d’isoler et de traiter chaque cas et particulièrement le mien ?
Est-on capable de tracer, retracer, chacun de mes contacts ?
3 – Les risques d’épidémie sont-ils réduits ?
La question de l’OMS parle des établissements de santé et les maisons de soins.
Quel est mon rôle de citoyen dans la réduction des risques d’épidémies ?
Comment réduire ces risques ?
4 – Les mesures préventives sont-elles en place ?
Ces mesures concernent mon lieu de vie, de travail, dans les écoles et dans les lieux publics.
Suis-je en mesure de respecter ces mesures ?
5 – Les risques d’importation sont-ils gérés ?
L’importation du virus se fait par la circulation de porteurs en apparence sains. Saul un dépistage par tests-analyses (PCR, sang, …).
A mon niveau, comment puis-je éviter d’importer du virus ?
La même question, comment puis-je éviter de faire circuler le virus ?
6 – Ma communauté est elle formée ?
Il s’agit là de vérifier autour de nous, bien que confinés, que les autres sont bien informés et formés. Nous ne devons pas être insouciants mais raisonnablement prudents.
Ma communauté est-elle pleinement éduquée, engagée et habilitée à s’adapter aux nouvelles normes de vie en société ?
Nous ne prétendons pas, nous citoyens et contribuables de vaincre à nous tout seuls la pandémie. Nous réussirons si nous sommes tous, ENSEMBLE, des citoyens responsables, capables de nous auto-contrôler et de nous mettre à l’abri des erreurs des autres. Prévenir, c’est guérir !
C’est à ce prix que nous allons commencer à reprendre une vie économique et sociale.
Il n’empêche que, ceux dont l’insouciance, le manque de prévoyance, ceux à qui l’on doit d’avoir envoyé nos soignants au combat sans armes, ceux là devront rendre des comptes. La France doit être gouvernée par des citoyens sérieux, soucieux de l’intérêt général, du bien public.
Signature du Citoyen-Contribuable 34
Citoyen-Contribuable Docteur (non-médecin) en Sciences biologiques
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