Sciences et Avenir : Mars 2012, n° 781 titrait en page de couverture « On a créé le virus le plus dangereux du Monde ». Et les questions sont posées « Pourquoi les chercheurs ont manipulé ce mutant de la grippe H5N1 ? Comment éviter qu’il s’échappe du laboratoire ? » et le professeur Luc Montagnier (prix Nobel) affirme « Ce genre d’entreprise n’aurait jamais dû être menée » !
J’ai retrouvé ce document en classant mes archives. Jamais je n’aurais pu imaginer, 8 ans après, que ce trimestriel prenait toute son actualité.
« Est-il interdit d’interdire ? »
Dominique Leglu pose la question (page 3) et nous informe qu’un moratoire a été organisé sur une base volontaire par 30 chercheurs, devant le danger potentiel des plus récents travaux effectués par certains d’entre-eux. Est concerné « un mutant du virus de la grippe aviaire devenu à la fois virulent ET contagieux (entre mammifères). Autant dire un supervirus-tueur. ». Avec le recul et la situation de pandémie que nous vivons depuis la fin de 2019, cette citation prend toute sa saveur ! Voyons plus loin dans la revue.
« Fallait-il manipuler H5N1 ? »
C’est le titre de l’article de fond (pp. 8 -14). Cet article nous révêle la photo et l’identité de Ron Fouchier, chercheur au centre Erasmus Medical Center de Rotterdam (Pays-Bas). C’est le chercheur qui, avec son équipe, est parvenu à rendre le virus de la grippe aviaire H5N1 « contagieux par voie aérienne chez ce mammifère qu’est le furet (et donc potentiellement chez l’homme [espèce humaine] ». Un site Wikipedia récapitule ce qui touche à la grippe aviaire. Cliquez sur ce lien.
Les conséquences des manipulations
Les manipulations génétiques sur de tels micro-organismes sont difficiles à concevoir pour nos gouvernants formés à l’ENA.
Cliquez sur la boite de gauche pour écouter la docteure Martine Wonner, députée transfuge de LREM.
La bête noire du Gouvernement : les médias indépendants
Un de mes amis, merci à sa vigilance, m’a envoyé un courriel (mail) me donnant l’adresse d’une interview de la docteure-députée Martine Wonner. Ce film est diffusé par Facebook et il est impossible de le télécharger pour conserver la preuve sur notre ordinateur, au cas ou !
J’ai ainsi découvert le site racine de YouTube (cliquez ce lien) et la possibilité de rechercher sur YouTube. Vous remarquerez en haut et au centre de l’écran une zone où vous pouvez taper, comme je l’ai fait, « Martine Wonner ». Et, là, suprise, arrivent des vidéos dont la majorité sont des interviews de la docteure Martine Wonner sur Sud-Radio et les interviews d’André Bercoff. Une des bêtes noires du gouvernement, un média indépendant ? Une sacrée lionne qui rue dans les brancards !
Une mine d’or de témoignages qui ne font pas plaisir (un euphémisme ?) au Gouvernement !
Le veilleur et lanceur d’alerte
Le compte engagement citoyen
Le Compte Engagement Citoyen (CEC) : valorisation du bénévolat associatif
Le Compte Engagement Citoyen (CEC) a pour objectif de recenser et de valoriser les activités citoyennes et permettre notamment aux bénévoles associatifs d’acquérir des droits à la formation.1 Par la Charte des engagements réciproques, l’État s’est engagé à donner une impulsion à la formation des bénévoles. Vous pouvez visionner le Webinaire : https://www.youtube.com/watch?v=zD1Y7BMDGUw&feature=youtu.be
Depuis les années 1980, un soutien est directement apporté aux associations pour les plans de formation des bénévoles qu’elles initient, par le Fonds pour le développement de la vie associative. Désormais, la loi du 8 août 2016 dite « Travail » prévoit également la gratification des individus les plus engagés.
1 – Qui est concerné par le CEC ?
Le CEC s’adresse à tous les dirigeants d’association (si les conditions de durée et d’engagement sont remplies), quel que soit le statut professionnel, y compris les retraités … et les droits acquis peuvent être utilisés même à la retraite. Huit activités bénévoles permettent d’acquérir 20 heures sur son CEC :
les activités de bénévolat associatif,
le Service Civique,
la réserve militaire opérationnelle,
la réserve civile de la police nationale,
la réserve sanitaire,
l’activité de maître d’apprentissage,
le volontariat dans un corps de sapeurs pompiers.
Ce sont les seules, pour le moment, qui sont concernées.
2 – Conditions pour en bénéficier
Pour y avoir droit comme bénévole associatif, il faut siéger dans l’organe d’administration ou de direction de l’association ou participer à l’encadrement d’autres bénévoles, et ce, pendant au moins 200 heures au cours de l’année civile dans une ou plusieurs associations, dont au moins 100 heures dans une même association.
Ces associations doivent :
être régies par la loi du 1er juillet 1901 relatives au contrat d’association ou inscrites au registre des associations en application du droit local applicable dans les départements du Bas-Rhin, du Haut-Rhin et de la Moselle ;
être déclarées depuis plus de 3 ans au moins et disposer à ce titre d’un numéro RNA (Répertoire National des Associations) ;
disposer d’un SIREN et avoir été déclarées sur le portail « Le Compte Asso » ;
avoir l’ensemble de leurs activités mentionnées au b) du §1 de l’article 200 du Code général des impôts (organisations d’intérêt général).
Ces conditions doivent être remplies sans exception.
3 – Pour quels droits à la formation ?
Depuis le 1er janvier 2019, date de la monétarisation du Compte Personnel de Formation (CPF), le titulaire se voit allouer sous réserve d’élibilité, un forfait de 240 €uros sur une année civile (soit un total de 720 €) utilisables pour s’inscrire à des formations.
Pour les actifs (salarié, demandeur d’emploi, agent public, indépendant), ce forfait s’ajoute aux droits de formation acquis sur leur compte personnel de formation, pour les formations qui les intéressent : formation professionnelle, (VAE, bilan de compétences, formation pour reconversion professionnelle) ou formation sur leur activité associative.
4 – Nécessité d’une déclaration et d’une validation
L’activité bénévole étant inconnue de l’administration, le bénévole doit la déclarer s’il est intéressé par le dispositif. Cette déclaration s’effectue par voie dématérialisée (Internet) sur « Mon compte bénévole » : https://www.associations.gouv.fr/le-compte-benevole.html.
Il peut transmettre autant de déclarations que d’associations éligibles dans lesquelles il est investi. Pour le bénévolat de 2018, la déclaration était possible jusqu’au 30 juin 2019. Les activités bénévoles associatives réalisées en 2019 peuvent être déclarées jusqu’au 30 juin 2020 et validées jusqu’au 31 décembre 2020.
La déclaration d’un membre sera automatiquement transmise au dirigeant de son association qui sera désigné comme « valideur CEC » ou qui en choisira un parmi les membres de son conseil d’administration ou de son bureau sur le « Le compte association » : https://www.associations.gouv.fr/valideur-cec.html.
Le valideur devra attester de l’éligibilité du bénévole avant le 31 décembre 2020. Par précaution, le bénévole a tout intérêt à s’assurer qu’un dirigeant s’est bien identifié comme tel sur « Le compte assoc » de son associations pour y recevoir sa déclaration.
D’après l’article publié par Jean-Christophe Beckensteiner
(Trimestriel La Défense n° 197 Mars-Avril 2017, p. 67)
Revu et complété par Citoyens34
Les commentateurs des radios périphèriques persistent dans leur erreur : ils qualifient, surchargent le patronyme de Monsieur Gérald Darmanin avec une particule.
Soucieux de précision et d’exactitude, le Père Siffleur, en bon républicain et citoyen de l’Hérault, respecte l’intégrité des patronymes. Monsieur Darmanin n’a sollicité, à notre connaissance, aucun droit à faire reconnaître la moindre noblesse héréditaire en faisant ajouter un « de » entre son prénom Gérald et son nom Darmanin. Donc, pas de de !
Nos félicitations pour sa ré-élection comme maire. Monsieur le Ministre-Maire. Pour combien de temps ?
Père Siffleur
Persiflez, persiflez, il en restera quelque chose
Dans les Ehpad, la cise du CoViD19 a eu des effets délétères
Dans les Ehpad, la crise du Covid-19 révèle les effets délétères des politiques d’austérité
Une soignante prend la tension d’une résidente, mi-avril, à l’Ehpad de Korian Vill’Alizé, à Thise (Doubs), où le Covid-19 a tué 26 personnes en quelques semaines. Sébastien Bozon/AFP
Dénoncée par les professionnels de ces établissements depuis plusieurs années, la crise des Ehpad – établissement d’hébergement pour personnes âgées dépendantes – met en lumière les impasses des politiques d’austérité et de budgétisation appliquées à la santé et à la prise en charge de la dépendance.
Le statut d’Ehpad est créé en 1997 au moment où le gouvernement entérine, après vingt ans de débats, l’idée d’une prise en charge de la dépendance par la Sécurité sociale. Il s’appuie alors sur un certain nombre de raisons d’ordre techniques, et en particulier l’incertitude face aux développements des coûts de la dépendance, et donc à sa budgétisation à long terme.
En 1997, c’est donc une prestation d’aide sociale, gérée par les départements qui est mise en place (la prestation spécifique de dépendance, PSD, depuis remplacée l’allocation personnalisée autonomie, APA).
Une impossible dissociation du cure du care ?
Cette séparation de principe entre la prise en charge de la santé financée par la Sécurité sociale et la dépendance financée par les départements se confronte directement à la réalité des situations. Comment en effet séparer ce qui est relatif au soin (cure), de ce qui relève du prendre soin et de l’accompagnement des personnes dépendantes (care) ?
Cette dissociation tient d’autant moins face à la grande dépendance que celle-ci nécessite une prise en charge médicale en établissement. Or, c’est pour faire face à l’afflux des personnes en grande dépendance que le statut d’Ehpad est créé : il ouvre, en effet, des droits aux financements publics de l’assurance maladie et des départements.
Le financement des Ehpad repose alors sur une tarification ternaire selon une catégorisation théorique des dépenses (soins médicaux, dépendance, hébergement), alimenté par des acteurs publics qui sont tous sous contrainte budgétaire.
L’hébergement est financé par le résident et sa famille. Les « soins médicaux » sont financés à 100 % par l’assurance maladie, via l’agence régionale de santé (ARS), et la « dépendance » est principalement financée par les Conseils départementaux. Les ARS sont contraintes par les enveloppes fermées votées annuellement lors de la loi de financement de la sécurité sociale, alors que les Conseils départementaux le sont par les transferts provenant de l’État dans le cadre de l’allocation personnalisée d’autonomie.
Une médicalisation à moindre coût
Dans le cadre des politiques d’austérité imposées au secteur hospitalier, les régulateurs de la santé ont progressivement cherché à sortir les dépenses liées aux personnes âgées dépendantes des comptes de l’hôpital. Ainsi, en dix ans (2006-2016), selon l’IGAS, plus de la moitié des lits en unité de soin de long séjour (USLD) accueillant des personnes très dépendantes dont l’état nécessite une surveillance médicale constante a été convertie en places d’Ehpad. Les personnes âgées en perte d’autonomie ont dû suivre le mouvement et ont été orientées vers les Ehpad. L’État a également misé sur l’aide à domicile et les résidences autonomie pour les personnes les plus autonomes. Cela a permis de limiter la création de nouvelles places en Ehpad.
Les financements des Ehpad sont négociés dans le cadre de contrats pluriannuels d’objectifs et de moyens (CPOM) fixant, pour cinq ans, un niveau moyen de dépendance et de pathologie des résidents : charge aux établissements de rester dans ces moyennes en contrôlant les entrées et les sorties des résidents en fonction de leur niveau de dépendance.
C’est par ce biais que les financeurs ont poussé les Ehpad à se spécialiser dans la grande dépendance en accueillant les personnes exclues du milieu hospitalier et plus assez autonomes pour le domicile et les logements intermédiaires. Ils tendent ainsi à assumer la charge d’un public aux pathologies de plus en plus nombreuses : plus d’un tiers des résidents est atteint de la maladie d’Alzheimer avec des difficultés à réaliser les actes de la vie quotidienne (90 % des résidents ont besoin d’une aide à la toilette ; les entrées sont de plus en plus tardives (85 ans et 8 mois) et les durées de résidence en Ehpad plus courtes (2 ans et 5 mois), d’après les données de la DRESS (Direction de la recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques, une direction de l’administration centrale des ministères sanitaires et sociaux).
Malgré cette évolution du profil des résidents accueillis, les moyens ne suivent pas. Selon la DREES, alors que les Ehpad accueillent aujourd’hui des résidents proches en termes de besoins de ceux accueillis en unité de soin de long séjour (USLD), le taux d’encadrement y est de 0,62 équivalent temps plein par place contre 1,1 ETP par lit en USLD.
De plus, alors que le personnel en USLD est principalement composé d’infirmiers, de gériatres et d’aides-soignants, alors que dans les Ehpad, seul un médecin coordonnateur est présent. Et encore, il l’est à temps partiel, car il intervient dans plusieurs établissements. De même, les infirmiers sont peu nombreux (5,8 pour 100 résidents) et sont absents la nuit, alors qu’ils sont présents 24h/24 en USLD. Le personnel des Ehpad est principalement composé d’aides-soignants et d’agents de service, très certainement totalement dévoués, mais peu formés aux tâches réellement effectuées et bien sûr non rémunérés en conséquence.
Dégradation des conditions d’accueil et de travail
Les Ehpad se retrouvent face à un manque chronique de moyens venant des financeurs publics. Dès lors, sans surprise, face à l’urgence des situations et à la prégnance des besoins, le glissement des tâches est inévitable : les salariés se retrouvent à réaliser des actes qui ne correspondent pas à leurs qualifications, mais qui sont essentiels à la bonne prise en charge et à l’accompagnement adéquat des résidents (les agents de service aident aux toilettes et les aides-soignantes réalisent des soins médicaux). Tout cela est découplé de niveaux de rémunération qui restent faibles, rendant le secteur peu attractif et se traduisant par des difficultés de recrutement dans la plupart des Ehpad, amplifiant encore le faible taux d’encadrement dans les établissements.
Les conditions de travail sont rendues d’autant plus difficiles que le développement de pratiques managériales, conséquences de la volonté de maîtrise des dépenses publiques, a conduit à une injonction à la rentabilité des Ehpad. Ces mutations vont à l’encontre de l’esprit fondateur de ces structures. En effet, héritiers des maisons de retraite, ces établissements sont aussi des lieux de vie où les besoins relationnels liés à l’hébergement (lingerie, restauration), à la relation individualisée et à la sociabilité sont nombreux (care).
Or, dans une volonté de rationalisation de l’activité qui va de pair avec la chasse aux coûts, le travail est « industrialisé », les tâches normées et les cadences augmentées. C’est la chasse aux temps considérés comme « improductifs », c’est-à-dire au « bonjour » et au « comment allez-vous ? » du matin, à la discussion apaisante du soir, finalement, à l’ensemble de tous les aspects relationnels.
Les instances publiques privilégient dans les indicateurs de financement des établissements les tâches censées refléter rigoureusement la productivité de l’activité : le nombre de toilettes ou encore le nombre de repas servis ! Cela renforce le phénomène de déshumanisation des conditions de vie dans les établissements qui deviennent progressivement des « mouroirs ».
La dépendance, un enjeu de Sécurité sociale pour sortir de la crise
Cette situation, très alarmante en temps normal, en particulier pour des raisons éthiques et de justice sociale, devient dramatique en cas de crise sanitaire. C’est particulièrement le cas aujourd’hui avec la crise du Covid-19. Alors que le virus fait des ravages dans les établissements, les Ehpad manquent de personnel médical pouvant prescrire et administrer les médicaments nécessaires à la survie cognitive des résidents, mais aussi à leur fin de vie (Midazolam, Perfalgan). Les personnels qui ne sont pas considérés comme des soignants ont subi le temps de réaction des pouvoirs publics pour distribuer le matériel de protection, pourtant si crucial pour protéger les résidents à hauts risque. Et alors que ceux-ci sont enfermés dans leur chambre, que les visites sont interdites, les personnels ne disposent pas du temps nécessaire pour les rassurer et les accompagner dans cette épreuve.
Cette situation tragique appelle à repenser en profondeur le modèle des Ehpad comme maints rapports l’on déjà proposé (Mission Flash Iborra-Fiat en 2018, rapport Libault en 2019). Or, ces questions sont liées aux manières de financer le secteur.
Alors que les différents travaux évaluent les besoins en financement des Ehpad entre 7 et 10 milliards d’euros, construire une prise en charge de la dépendance au sein de la branche santé accompagnée d’une augmentation de ses ressources en fonction des besoins, aurait l’avantage de renoncer à l’impossible dissociation du cure et du care, établie jusqu’ici pour des raisons budgétaires, et qui a montré ses limites tant pour la gestion des hôpitaux que pour celle de la dépendance.
Meriadeg Le Gouil est enseignant-chercheur au GRAM 2.0 (Groupe de recherche sur l’adaptation des microbes), EA2656 de l’Université de Caen Normandie et au laboratoire de virologie du CHU de Caen. Il est spécialiste des coronavirus humains et animaux, avec un intérêt particulier pour les coronavirus de la faune sauvage et les virus émergeants circulant chez les chauves-souris : l’ordre de mammifère hébergeant la plus grande diversité de ce type de virus. Dès qu’un nouveau virus apparaît, les scientifiques cherchent à établir sa séquence génétique.
Comment obtenir la séquence génétique d’un virus ?
Si l’on compare avec le SRAS : le dernier coronavirus qui avait suscité une inquiétude mondiale pour l’homme en 2002, les techniques d’analyse génétique ont drastiquement évolué vers plus de précision et des temps d’analyse réduits. Ces analyses sont également moins coûteuses ce qui a permis à de nombreux pays de s’équiper convenablement en séquenceurs génétiques. Ainsi, il est possible d’analyser très vite un nouveau virus quel que soit son lieu d’apparition.
Dans le cas du nouveau coronavirus 2019-nCoV, ce sont donc des équipes chinoises qui ont pu l’analyser et partager les informations à la communauté scientifique internationale en quelques jours à semaines grâce à une base de données appelée GISAID. Ce partage permet de comparer les résultats obtenus à partir d’autres patients. À ce jour la plupart des séquences analysées viennent de Chine mais il en existe également provenant de Thaïlande, des États-Unis et de France.
Capture d’écran de la base de données GISAID présentant la géographie des cas du nouveau coronavirus. GISAID
Quelles informations découlent de cette séquence ?
Un virus, comme un être vivant, est porteur d’information génétique, à partir de laquelle il va fabriquer ses protéines et se multiplier chez son hôte. Le génome de ce coronavirus compte environ 30 000 nucléotides : une série de quatre briques élémentaires représentées par les lettres : A, U, C, G. Séquencer c’est tout simplement établir dans quel ordre ces briques sont organisées. Une fois que l’on a la liste ordonnée de 30 000 lettres, que peut-on en déduire ?
Tout d’abord, il est possible de comparer la nouvelle séquence avec celles déjà présentes dans les bases. En réalisant ce travail, l’équipe dirigée par Zhengli Shi, du Wuhan Institute of Virology a pu constater qu’un autre virus, prélevé en 2013 en Chine chez une chauve-souris, possédait un génome similaire à 95 %. Il est donc probable que 2019-nCoV (le nom scientifique de ce nouveau coronavirus) trouve son origine chez cet animal. La transmission ne s’est peut-être pas produite directement entre la chauve-souris et l’humain, car pour un passage à une autre espèce, il faut des contacts nombreux et répétés. Les scientifiques et les autorités pointent plutôt vers des marchés aux animaux vivants. L’animal intermédiaire potentiel n’a pas encore été identifié.
L’autre intérêt d’étudier la séquence génétique est de prévoir la structure des protéines du virus dont elle découle. Une des protéines d’intérêt est la protéine S (pour spicule) présente à la surface du virus et qui va s’attacher à nos cellules pour les reconnaître et les infecter. Ce sont d’ailleurs elles qui donnent sa forme de couronne au coronavirus.
Ces protéines de surface peuvent aussi être une cible thérapeutique car si on les bloque alors elles ne peuvent plus infecter des cellules. Connaître finement sa séquence a également permis de mettre au point des tests de diagnostic spécifiques.
L’arbre généalogique des virus
Analyser une séquence génétique donne aussi des informations sur l’évolution des virus. A chaque fois qu’il va se répliquer, son génome va connaître des modifications : des mutations. Quelques nucléotides sur les 30 000 vont changer, ce qui peut avoir une conséquence sur la structure des protéines et potentiellement, sur la vitesse d’infection. Chaque nouvelle séquence va donc être comparée à celles déjà connues pour déceler ces mutations. Les scientifiques peuvent alors créer des « arbres généalogiques » (arbres phylogénétiques en termes techniques) pour comprendre d’où vient chaque source virale.
Le centre du cercle représente l’ancêtre commun des ncoronavirus. Les souches détectées en France sont assez proches les unes des autres. GISAID
Chez un même individu, les virus mutent. Grâce aux dernières techniques de séquençage, il est possible d’établir toutes les séquences présentes. Cela permet de suivre les taux de mutation du virus, la diversité de ses populations à l’intérieur de l’organisme et de suivre les chaînes épidémiques.
Comment un virus animal se transmet à l’homme ?
Pour les virus, tout est une question d’opportunités. Il n’est pas aisé de franchir les barrières des espèces. Ainsi un virus affectant majoritairement les chauves-souris se transmettra difficilement à l’humain.
Pour une transmission interespèces, il est nécessaire d’avoir des opportunités écologiques, soit des contacts rapprochés, nombreux et fréquents. Ainsi pour prévenir les risques de contamination ou d’émergence de nouveaux virus, il est nécessaire de réfléchir à notre rapport avec la biodiversité. Par exemple, les chauves-souris n’ont que peu de raison de venir au contact des humains, sauf si leur habitat est détruit ou réduit. Protéger la nature et la biodiversité c’est aussi nous protéger d’éventuelles émergences et donc des maladies nouvelles.
Comment les changements environnementaux font émerger de nouvelles maladies
Région de Lambaréné, Gabon : à la recherche du réservoir du virus Ebola, des scientifiques autopsient des chauves-souris et recueillent des échantillons biologiques qui seront analysés au Centre de Recherches Médicales de Franceville. Jean-Jacques Lemasson / IRD, Author provided
L’épidémie de coronavirus Covid-19 en cours, qui a débuté à Wuhan à la fin de l’année dernière, illustre bien la menace que représentent les maladies infectieuses émergentes, non seulement pour la santé humaine et animale, mais aussi pour la stabilité sociale, le commerce et l’économie mondiale.
Or de nombreux indices portent à croire que la fréquence des émergences de nouveaux agents infectieux pourrait augmenter dans les décennies à venir, faisant craindre une crise épidémiologique mondiale imminente. En effet, les activités humaines entraînent de profondes modifications de l’utilisation des terres ainsi que d’importants bouleversements de la biodiversité, en de nombreux endroits de la planète.
Ces perturbations se produisent dans un contexte de connectivité internationale accrue par les déplacements humains et les échanges commerciaux, le tout sur fond de changement climatique.
Il s’agit là des conditions optimales pour favoriser le passage à l’être humain de micro-organismes pathogènes provenant des animaux. Or, selon l’OMS, les maladies qui résultent de telles transmissions comptent parmi les plus dangereuses qui soient.
Identifier les nouvelles menaces
Fièvre hémorragique de Crimée-Congo, virus Ebola et maladie du virus de Marburg, fièvre de Lassa, coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) et syndrome respiratoire aiguë sévère (SRAS), Nipah et maladies hénipavirales, fièvre de la vallée du Rift, Zika…
Les maladies listées ici sont considérées comme des urgences sur lesquelles doivent se concentrer les recherches. Elles présentent en effet un risque de santé publique à grande échelle, en raison de leur potentiel épidémique et de l’absence ou du nombre limité de mesures de traitement et de contrôle actuellement disponibles.
Cette liste comporte également une « maladie X » : ce terme énigmatique désigne la maladie qui sera responsable d’une épidémie internationale d’ampleur, causée par un pathogène actuellement inconnu. L’OMS ne doute pas qu’elle puisse survenir, et demande donc à la communauté internationale de se préparer en prévision d’un tel scénario catastrophe.
Actuellement, la réponse des autorités de santé publique face à ces maladies infectieuses émergentes consiste à « prendre de l’avance sur la courbe », c’est-à-dire à identifier les facteurs environnementaux susceptibles de déclencher l’émergence. Malheureusement, notre compréhension de la façon dont font surface les nouvelles menaces infectieuses demeure encore limitée.
Mais une chose est sûre, les animaux seront très probablement impliqués dans les prochaines épidémies. Car c’est un autre point commun des maladies de cette liste dressée par l’OMS : toutes peuvent être classées comme des infections virales zoonotique.
Les animaux largement impliqués dans les nouvelles épidémies
Au plus simple, ces maladies incluent un seul hôte et un seul agent infectieux. Cependant, souvent plusieurs espèces sont impliquées, ce qui signifie que les changements de biodiversité ont le potentiel de modifier les risques d’exposition à ces maladies infectieuses liées aux animaux et aux plantes.
On pourrait à ce titre penser que la biodiversité représente une menace : puisqu’elle recèle de nombreux pathogènes potentiels, elle accroît le risque d’apparition de nouvelles maladies.
Pourtant, curieusement, la biodiversité joue également un rôle protecteur vis-à-vis de l’émergence des agents infectieux. En effet, l’existence d’une grande diversité d’espèces hôtes peut limiter leur transmission, par un effet de dilution ou par effet tampon.
La perte de biodiversité augmente la transmission des agents pathogènes
Si toutes les espèces avaient le même effet sur la transmission des agents infectieux, on pourrait s’attendre à ce qu’une baisse de la biodiversité entraîne de façon similaire une baisse de la transmission des agents pathogènes. Or il n’en est rien : ces dernières années, les études montrent de façon concordante que les pertes de biodiversité ont tendance à augmenter la transmission des agents pathogènes, et la fréquence des maladies associées.
1) En changeant l’abondance de l’hôte ou du vecteur. Dans certains cas, une plus grande diversité d’hôtes peut augmenter la transmission des agents, en augmentant l’abondance des vecteurs ;
2) En modifiant le comportement de l’hôte, vecteur ou parasite. En principe, une plus grande diversité peut influencer le comportement des hôtes, ce qui peut avoir différentes conséquences, qu’il s’agisse d’une augmentation de la transmission ou de l’altération de l’évolution des dynamiques de virulence ou des voies de transmission. Par exemple, dans une communauté plus diverse, le ver parasitaire qui est responsable de la bilharziose (maladie qui affecte plus de 200 millions de personnes dans le monde) a plus de chance de se retrouver dans un hôte intermédiaire inadéquat. Ceci peut réduire la probabilité de transmission future à l’humain de 25 à 99 % ;
3) En modifiant la condition de l’hôte ou du vecteur. Dans certains cas, dans des hôtes à fortes diversités génétiques, les infections peuvent être réduites, voire induire des résistances, ce qui limite de fait la transmission. Si la diversité génétique se réduit parce que les populations diminuent, la probabilité qu’apparaissent des résistances diminue également.
Dans ce contexte, la perte de biodiversité en cours est d’autant plus inquiétante. Les estimations actuelles suggèrent par exemple qu’au moins 10 000 à 20 000 espèces d’eaux douces ont disparu ou sont à risque de disparaître. Les taux de déclins observés actuellement rivalisent avec ceux des grandes crises du passé, telles que celle qui a marqué la transition entre Pléistocène et Holocène, voici 12 000 ans, et qui s’est accompagné de la disparition de la mégafaune, dont le mammouth laineux était un des représentants emblématiques.
Mais la perte de biodiversité n’est pas le seul facteur influant sur l’émergence de nouvelles maladies.
Le changement climatique et les activités humaines
C’est le déplacement de l’empreinte géographique des pathogènes et/ou de l’hôte qu’ils infectent qui conduit à l’émergence de nouvelles maladies infectieuses. À ce titre, l’imprévisibilité croissante du climat mondial et les interactions locales homme-animal-écosystème, de plus en plus étroites dans certains endroits de la planète, jouent un rôle majeur dans l’émergence de nouvelles infections au sein des populations humaines.
La consommation de viande de brousse et le commerce d’animaux, résultant de la demande croissante en protéines animales, provoquent aussi des changements importants dans les contacts entre les êtres humains et les animaux. Des études ont démontré que les flambées de SRAS et d’Ebola étaient directement liées à la consommation de viande de brousse infectée. En outre, la fièvre de Lassa et les maladies dues aux virus Marburg et Ebola prospèrent en Afrique de l’Ouest et du Centre, où la consommation de viande de brousse est quatre fois supérieure à celle de l’Amazonie, pourtant plus riche en biodiversité.
Autre risque : l’expansion de l’agriculture et de l’élevage. Afin de répondre à la demande toujours croissante des populations humaines, de nouveaux espaces doivent être conquis, en déforestant et en défrichant. Or on sait que cette réaffectation des terres peut déclencher l’émergence des maladies infectieuses, en favorisant les contacts avec des organismes jusqu’ici rarement rencontrés. Ainsi, dans les îles de Sumatra, la migration des chauves-souris fruitières causée par la déforestation dû aux incendies de forêt a conduit à l’émergence de la maladie de Nipah chez les éleveurs et les personnels des abattoirs en Malaisie.
Les relations entre la biodiversité des espèces hôtes et celle des parasites et microbes pathogènes sont complexes. En modifiant la structure des communautés, tous ces changements environnementaux risquent d’entraîner une modification des schémas épidémiologiques existants.
Dans ce contexte, les populations humaines peuvent se retrouver au contact d’un animal porteur d’un virus capable de les contaminer. Un cycle d’infections peut alors se mettre en place. Il débute par des cas sporadiques de transmission de l’animal à l’être humain, appelé « virus chatter » (« bavardage viral »). Ensuite, à mesure que les cycles se multiplient, l’émergence de la transmission interhumaine devient inévitable.
Une fois l’épidémie déclenchée, la rapidité de réaction est primordiale. Outre les mesures sanitaires de rigueur, lorsque le temps manque pour mener des études épidémiologiques appropriées les modélisations mathématiques peuvent être d’un grand secours pour évaluer rapidement l’efficacité de la prévention, et anticiper l’évolution de la maladie.
Mais appréhender la complexité des interactions entre réservoir naturel, agent pathogène et hôte(s) intermédiaire(s) reste un défi de taille lorsqu’il s’agit d’intervenir rapidement pour arrêter la transmission de la maladie. L’exemple du COVID-19 l’illustre une nouvelle fois : plus de deux mois après les premières infections, les divers maillons animaux de la chaîne de transmission de l’épidémie restent à identifier.
L’actualité est toute bruissante ! De toutes part, ça fuse ! Sanofi (société initialement française mais mondialisée), le n° 1 du vaccin aurait déclaré réserver ses premiers vaccins contre le CoViD-19 aux USA au prétexte qu’ils sont financés par les dollars du gouvernement USA. C’est oublier les milliers d’€uros de crédit d’impôts de notre gouvernement français. Il y aurait-il un malentendu ?
Le veilleur et lanceur d’alerte
CoViD 19 : l’analyse des génomes révélerait une origine double du virus
En l’espace de quelques semaines, nous avons tous appris beaucoup de choses, mais aussi entendu pas mal de rumeurs sur la maladie Covid-19 et le virus responsable : le SARS-CoV-2. Alors que le nombre d’articles scientifiques sur ce virus ne cesse d’augmenter, il subsiste encore bien des zones d’ombre quant à l’origine de ce virus.
Dans quelle espèce animale est-il apparu ? Une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce sauvage ? D’où vient-il ? D’une grotte ou d’une forêt de la province chinoise de Hubei ou bien d’ailleurs ?
En décembre 2019, 27 des 41 premières personnes hospitalisées (66 %) sont passées par un marché situé en plein cœur de la ville de Wuhan, dans la province de Hubei. Mais l’origine de l’épidémie n’est probablement pas liée à des contacts avec des animaux vivants ou morts présents sur ce marché, car il apparaît, d’après une étude chinoise menée à l’hôpital de Wuhan, que le tout premier cas humain identifié n’a pas fréquenté ce marché.
En accord avec cette hypothèse, les datations moléculaires estimées à partir des séquences génomiques du SARS-CoV-2 indiquent plutôt une origine en novembre. On est donc en droit de s’interroger sur le lien entre cette épidémie Covid-19 et la faune sauvage.
Ce que l’on sait grâce aux données génomiques sur les Betacoronavirus
Le génome du SARS-CoV-2 a été rapidement séquencé par les chercheurs chinois. Il s’agit d’une molécule d’ARN d’environ 30 000 bases contenant 15 gènes, dont le gène S qui code pour une protéine située à la surface de l’enveloppe virale (à titre de comparaison, notre génome est sous forme d’une double hélice d’ADN d’une taille d’environ 3 milliards de bases et il contient près de 30 000 gènes).
Les analyses de génomique comparative ont montré que le SARS-CoV-2 appartient au groupe des Betacoronavirus et qu’il est très proche du SARS-CoV, responsable d’une épidémie de pneumonie aiguë apparue en novembre 2002 dans la province chinoise de Guangdong qui s’est ensuite répandue dans 29 pays, notamment en France en 2003.
Au total, 8098 cas ont été comptabilisés, dont 774 décès. On sait que les chauves-souris du genre Rhinolophus (potentiellement plusieurs espèces cavernicoles) étaient le réservoir de ce virus et qu’un petit carnivore, la civette palmiste (Paguma larvata), a pu servir d’hôte intermédiaire entre les chauves-souris et les premiers cas humains.
Depuis, de nombreux Betacoronavirus ont été découverts, principalement chez les chauves-souris, mais aussi chez l’homme. C’est ainsi que le virus RaTG13, isolé à partir d’une chauve-souris de l’espèce Rhinolophus affinis collectée dans la province chinoise du Yunan, a récemment été décrit comme très proche du SARS-CoV-2, les séquences de leur génome étant identiques à 96 %. Ces résultats indiquent que les chauves-souris, et en particulier les espèces du genre Rhinolophus, constituent le réservoir des virus SARS-CoV et SARS-CoV-2.
Mais comment définit-on un réservoir ? Il s’agit d’une ou de plusieurs espèces animales peu ou pas sensibles au virus, qui vont naturellement héberger un ou plusieurs virus. L’absence de symptôme de la maladie s’explique par l’efficacité de leur système immunitaire qui leur permet de lutter contre une trop grande prolifération virale.
Mécanisme de recombinaison
Le 7 février 2020, nous apprenions qu’un virus encore plus proche du SARS-CoV-2 avait été découvert chez le pangolin. Avec 99 % d’identité annoncé, cela en faisait un réservoir plus probable que les chauves-souris. Une étude plus récente, actuellement en cours d’expertise, suggère néanmoins une situation bien plus complexe. Finalement, le génome du coronavirus isolé chez le pangolin malais (Manis javanica) n’est globalement pas si proche du SARS-Cov-2, avec seulement 90 % d’identité. Il n’est donc pas responsable de l’épidémie qui sévit actuellement.
Cela dit, le virus isolé chez le pangolin présente bien 99 % d’identité avec le SARS-Cov-2 si l’on compare les 74 acides aminés d’une région particulière de la protéine S, le domaine de liaison au récepteur ACE2 (Angiotensin Converting Enzyme 2) qui permet au virus d’entrer dans les cellules humaines pour les infecter. Dans la même région, le virus RaTG13 isolé chez la chauve-souris R. affinis est quant à lui très divergent (77 %).
Un coronavirus provenant du pangolin pourrait être l’une des sources du virus Covid-19. Wildlife Alliance/Flickr, CC BY
Pour simplifier, cela signifie que le coronavirus isolé chez le pangolin est capable d’entrer dans les cellules humaines alors que celui isolé chez la chauve-souris R. affinis ne l’est pas. Par ailleurs, cela suggère que le virus SARS-Cov-2 est issu d’une recombinaison entre deux virus différents, l’un proche de RaTG13 et l’autre plus proche de celui du pangolin. En d’autres termes, il s’agit d’une chimère entre deux virus préexistants.
Ce mécanisme de recombinaison avait déjà été décrit chez les coronavirus, notamment pour expliquer l’origine du SARS-Cov. Il est important de savoir qu’une recombinaison aboutit à un nouveau virus potentiellement capable d’infecter une nouvelle espèce hôte. Pour qu’une recombinaison se produise, il faut que les deux virus divergents aient infecté le même organisme de façon concomitante.
Deux questions restent en suspens : dans quel organisme a eu lieu cette recombinaison ? (une chauve-souris, un pangolin ou une autre espèce ?) Et surtout dans quelles conditions a eu lieu cette recombinaison ?
Une équipe de scientifiques chinois basée à Guangzhou suspecte le pangolin d’être un hôte intermédiaire entre les chauves-souris et l’humain. En effet, ces chercheurs auraient isolé un virus à partir de ces mammifères, dont la séquence génétique est à 99 % similaire à celle du coronavirus SARS-CoV-2 (nom officiel du virus responsable de la maladie Covid-19, qui sévit principalement en Chine). Une information largement reprise mais à prendre avec beaucoup de précautions car leurs résultats n’ont pas encore été publiés donc non soumis à une relecture par la communauté scientifique. S’il est très difficile de se prononcer, nous pouvons néanmoins réfléchir à cette possibilité en comprenant la biologie et les contacts qui peuvent exister entre l’homme et le pangolin.
Pangolin, qui es-tu ?
Il existe actuellement huit espèces de pangolins formant la famille des Manidés, unique famille actuelle de l’ordre des Pholidotes. Leur caractéristique la plus visible est la présence d’écailles sur la quasi-totalité du corps. Elles servent bien sûr à se protéger des prédateurs, le pangolin pouvant se rouler en boule, mais aussi à éviter les morsures des fourmis et des termites qui sont ses proies favorites.
« Le pangolin, une espèce en danger de disparition » (National Geographic).
Ces animaux vivent dans les forêts tropicales d’Afrique et d’Asie, ils sont plutôt nocturnes, solitaires et possèdent un excellent odorat leur permettant de repérer des insectes pour se nourrir.
Leurs contacts avec les humains
Pour transmettre un coronavirus, les contacts entre les individus doivent être longs, rapprochés et répétés. Les pangolins vivent dans la forêt et n’ont pas tendance à s’approcher des humains. Dans ces conditions, pourquoi les suspecter ?
Il faut savoir que le pangolin est l’une des espèces les plus braconnées dans le monde. Son commerce est strictement interdit, pourtant plus de 20 tonnes sont saisies chaque année dans le monde, ce qui laisse craindre des chiffres astronomiques sur le trafic total.
Ce commerce a deux finalités principales : la consommation de la viande, essentiellement en Chine et dans d’autres pays d’Asie du Sud-Est, le reste de l’animal, principalement les écailles, pouvant être utilisé dans la médecine traditionnelle. Une association de protection a estimé une consommation d’un million d’individus dans le monde en cinq ans, avec pour conséquence de voir figurer ces animaux sur les listes des espèces en très grave danger.
Les animaux, vivants ou morts peuvent donc être stockés dans des enclos exigus et dans les marchés où des contacts prolongés avec les humains peuvent avoir lieu.
Un coupable idéal ?
Comme dans le cas du SRAS avec la civette palmiste masquée, les virologues ont rapidement suspecté une transmission de la chauve-souris à l’homme via un autre animal. Il est très important de l’identifier rapidement pour que des mesures de confinement puissent être mises en place.
Les équipes de scientifiques ont prélevé des individus de nombreuses espèces animales différentes afin d’identifier un possible hôte intermédiaire entre les chauves-souris et les humains. Ce pourrait être le pangolin.
Si un responsable doit être pointé du doigt, c’est bien sûr l’homme. En effet, il n’y aucune raison naturelle d’avoir des relations étroites entre ces espèces sauvages et les humains. Le fait de les chasser, puis de les rassembler dans les marchés est la meilleure manière pour que des chauves-souris aient pu transmettre le virus aux pangolins, et qu’à leur tour, ils transmettent le virus à l’homme.
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